该法的第五条明确规定，行政事业单位的建立和执行单位内部控制应当遵循四项原则，即：全面、重要、平衡、平衡、适应性。

全面性原则

 

内控应贯穿于行政事业单位经济活动的决策、执行、监督全过程，实现对经济活动的全面控制。

行政区域内控制的对象是行政事业单位的经济活动，因此整体性原则就是对经济活动的全面控制。涵盖预算业务、收支业务、政府采购业务、资产管理业务、各种经济活动，如建设项目管理和合同管理；从过程上说，内部控制理念，经济活动的决策、执行、监督(包括评估与反馈)以及其他各种环节都要相互制约、相互制约；内控制度的空白和漏洞避免。因此，内部控制是一个横向牵涉单位经济活动的全过程，并贯穿整个活动，全面、全过程的控制；纵向牵涉到单位各有关工作人员的全面参与。

重要性原则

 

内部控制要充分考虑到单位重要经济活动和经济活动中存在的重大风险。该原则强调，行政事业单位建立与实施内部控制，应在兼顾整体的基础上，突出重点，对单位的重要经济活动、可能有重大风险的环节，采取更加严格的控制措施，确保内部控制的建立不存在重大缺陷。